陰陽論は古代中国に特有の哲学理論で、万物や現象は陰陽という二つの基本的な力の相互作用によって成り立っていると考えます。『易伝』には「一陰一陽之謂道」とあり、「道」とは物事の普遍的な法則を指します。『医原』では「天地と人は陰陽二気に外ならず」と述べています。陰陽説は、世界が物質的な全体であり、宇宙のすべての事物はその内部で陰陽の対立と統一を持ち、またその発生と発展の変化は陰陽二気の対立統一の結果であると考えます。『素問・陰陽応象大論』には「陰陽者、天地の道也、万物の綱紀、変化の父母、生殺の本始、神明の府也」と書かれており、陰陽は自然界の一般的な法則であり、事物の変化の源であり、生長と消亡の根本であり、事物の無限の変化の内部原因であることを示しています。

陰陽は最初、日光の向背を指し、太陽に向かっている側を陽とし、太陽の影になっている側を陰としていました。その後、陰陽は気候の寒暖、方位の上下、左右、内外、または運動状態の騒動と静穏などに応用されるようになりました。この認識はさらに発展し、事物の正反両面は対立しながらも依存し合い、すべての事物は絶えず運動と変化を続けていると考えられるようになりました。これに基づいて、陰陽の対立、依存、消長、転化といった基本的な理論が導き出され、宇宙の事物の存在と変化を理解し説明するために用いられています。

陰陽論は中医学の理論体系のあらゆる側面に貫かれており、人体の組織構造、生理活動、病気の発生と発展の変化法則を説明し、臨床診断と治療の指針となっています。中医学では、人体は有機的な全体であり、その内部には陰陽の対立と依存の関係が満ちていると考えられています。この陰陽の対立と依存の理論を用いて、人体の組織構造における矛盾の対立と統一の関係が説明されます。『素問・金匱真言論』には「人の陰陽を言えば、外は陽、内は陰。人の体の陰陽を言えば、背は陽、腹は陰。人の臓腑の陰陽を言えば、臓は陰、腑は陽。五臓（肝、心、脾、肺、腎五臓）はすべて陰であり、六腑（胆、胃、大腸、小腸、膀胱、三焦）はすべて陽である」とあります。人体の生理活動は非常に複雑であり、陰陽を使って相対的に言うと、物質は陰、機能は陽です。人体の各機能活動（陽）は一定の栄養物質（陰）を消費し、その栄養物質（陰）の生成は臓腑の機能活動に依存し、一定のエネルギー（陽）を消費します。新陳代謝の過程では、物質間や物質と機能間で転化の関係が存在します。中医学では、人体の生理における陰と陽の間に対立と消長、依存と転化の関係があり、これらの複雑な生理活動の中で、相対的なバランスを保つことが重要だとされています。

また、陰陽論は人体の病理的変化を説明するためにも用いられます。人体の病気の発生と発展は正気と邪気の二方面に関係しており、邪気と正気の闘いが人体の陰陽バランスを破壊し、陰陽失調（不調）を引き起こします。したがって、人体の病理的変化は複雑ですが、その大きな要因は陰陽の偏盛と偏衰に分けられます。

五行説は中医学のもう一つの重要な理論です。五行には木、火、土、金、水の五つの要素があり、五行説は一方で、世界の万物がこれらの五つの基本的な物質から成り立っているとし、世界の本源について正しい答えを出しています。もう一方で、すべての事物は孤立した静止的なものではなく、相生・相克の運動的変化の中で調和と平衡を保ちながら存在していると考えます。

五行説は各要素の特性に基づき、抽象的に応用して自然界の特定の現象に対応します。中医学では、五行の特性を用いて人体の組織や器官の五行属性を分析し、五行の生克制化を通じて五臓の生理的な関連を分析します。また、五行の相生相克や子母相及を用いて五臓の病変における相互的影響関係を説明し、これを基に病気の診断と治療を行います。例えば、木は肝胆、火は心と小腸、土は脾胃、金は肺と大腸、水は腎と膀胱に対応します。五行説はこれらの要素間の相生相克の関係を強調しています。木は火を生じ、火は土を生じ、土は金を生じ、金は水を生じ、水は木を生じます。木は土を克し、火は金を克し、土は水を克し、金は木を克し、水は火を克します。この循環関係は身体の内部バランスと調和を保つのに役立ち、五行の失調が発生すると、関連する臓腑の機能異常を引き起こし、さまざまな健康問題を引き起こす可能性があります。

陰陽論と五行説は私たちが健康と病気を理解するための独特の視点を提供し、実際の中医学の応用において、これらは通常組み合わせて使用されます。たとえば、臓腑は陰陽で分類され、五臓間の関係は五行の生克理論で説明できます。中医は陰陽失調や五行の相生相克の関係を分析することで、全体的な診断と治療を行い、個人の体質や症状がどの陰陽失調に属するかを見極め、五行理論を組み合わせて臓腑機能を調整し、個別化された治療方案を立てます。